Deskripsi Transkriptom and Proteom
Deskripsi Transkriptom and Proteom
Kelompok 27 :
Christina Desy E BIJ006119
Dani Sapto Ari BIJ006121
Patmi Indriastuti BIJ006125
Kelas: A2
Topik :
K27-MS-08
RANGKUMAN
Genom
adalah tempat menyimpan informasi biologi, tetapi tidak dapat mengirimkan sendiri informasi itu ke dalam sel. Ekpresi genom adalah penggunaan informasi bioogi yang memerlukan koordinasi aktivitas enzim dan protein untuk ikut aktif dalam suatu seri reaksi biokimia yang kompleks. Transkriptom adalah produk awal dari ekspresi genom, yaitu berupa koleksi molekul RNA yang berasal dari gen-gen pengkode protein dimana ekspresi biologinya diperlukan oleh sel pada waktu tertentu. Proteom
Berikut ini gambaran umum genom, transkriptom dan proteom:
Gambar 1
Sumber
Figur 3.1 (Brown, 2002
)
Traskriptom tersusun dari proses yang disebut transkripsi, dimana masing-masing gen dikopi menjadi molekul RNA. Susunan dari proteom melibatkan translasi molekul RNA menjadi protein. Berikut dua tahapan proses “DNA membuat RNA membuat protein”
(Gambar 3.2A)
Ekspresi genom melibatkan langkah-langkah sebagai berikut
(Gambar 3.2B)
:
Mengakses genom.
Tahapan ini melibatkan bermacam-macam proses yang mempengaruhi struktur kromatin dan posisi nukleosom dalam bagian-bagian genom yang mengandung gen yang aktif untuk meyakinkan bahwa gen-gen ini dapat diakses dan tidak terbenam jauh dalam bagian kromosom yang sangat kompak.
Penggabungan komplek inisiasi trankripsi, dimana terdiri dari sekelompok protein bekerja bersama-sama mengkopi gen-gen menjadi RNA.
Sintesis RNA, dimana gen ditranskrip menjadi suatu kopi RNA.
Pemrosesan RNA, melibatkan rangkaian perubahan yang dibuat pada sekuens molekul RNA dan struktur kimianya.
Degradasi RNA, merupakan pergantian molekul RNA yang terkontrol.
Penggabungan komplek inisiasi translasi, terjadi dekat ujung 5’ molekul RNA yang mengkode polipeptida dan merupakan persyaratan dari molekul ini untuk ditranslasi.
Pelipatan protein dan pemerosesaan protein, dapat terjadi secara bersamaan. Pelipatan menghasilkan protein yang mempunyai konfigurasi tiga dimensi yang benar. Sedangkan pemrosesan melibatkan modifikasi protein dari penambahan gugus kimia dan penghilangan beberapa protein.
Degradasi protein
, mempunyai pengaruh yang penting dalam proteom dan degradasi RNA, merupakan bagian yang tidak dapat dipisahkan dalam ekspresi genom.
, mempunyai pengaruh yang penting dalam proteom dan degradasi RNA, merupakan bagian yang tidak dapat dipisahkan dalam ekspresi genom.
Sumber Figur 3.2 A dan 3.2 B
(Brown, 2002)
Keterangan
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5778
ARTI PENTING PROYEK GENOM MANUSIA
ARTI PENTING PROYEK GENOM MANUSIA
-
Nama: Christina Desy E.
-
NIM: B1J006119
-
Kelas: A2
-
Email: cHRis_des_cute@yahoo.com
-
Blog: http://deeshe.wordpress.com
-
Jenis Topik: A2-GM11
Ringkasan
Kemampuan perangkaian DNA dan genome ini dalam tahun-tahun belakangan semakin baik berdasarkan koleksi rangkaian yang semakin beragam. Proyek genom manusia mencapai tahap pendekatan genom utuh yang mengarah ke kloning. Penggunaan metode genomik komparatif untuk melengkapi dua rangkaian dalam rangka untuk mengidentifikasi gambaran genom umum. Berikut gambran genom manusia.
Gambar A. Genom manusia. Sumber: Figure 1.14( Brown, 2002).
Molekul DNA merupakan dua rangkaian yang saling berkaitan satu sama lain, keduanya disatukan oleh basis komponen kimia. Di dalam DNA terdapat gen di mana sel manusia membentuk pola yang menjadi protein. Molekul-molekul inilah yang membentuk tubuh manusia.
Gambar.Genom
Proyek keragaman manusia ini telah mendorong kita ke arah aspek-aspek kontroversial dari perangkaian genome. Proyek genom manusia ini memiliki arti penting dimana di dalamnya berisikan rekaman gen yang di antaranya terkait dengan penyakit yang menyerang manusia.
Gambar. Proyek genom manusia
Walaupun proyek genom manusia ini memiliki arti yang penting, tetapi juga memiliki bahaya adalah meningkatnya kemungkinan mutasi gen yang menyebabkan penyakit genetik sehingga berbagai usaha diperlukan dalam pengaturan dan kebijakan proyek ini. Penelitian lebih lanjut masih diperlukan dan kehati-hatian harus diambil untuk meningkatkan keyakinan masyarakat dalam proyek ini.
Gambar. Genom manusia.
Daftar Pustaka
Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed., http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234 diakses tanggal 21 September 2008
Situs Terkait
-
http://www.google.co.id/search?hl=id&q=related:www.sciencenetlinks.com/interactives/dna.swf
-
http://www.freewebs.com/lindseyziegenhirt/800px-Human_genom_to_genes.png
-
http://www.freewebs.com/lindseyziegenhirt/800px-Human_genome_to_genes.png
Desain dan Kemampuan pemeriksaan Oligonukleotida Target 16S rRNA untuk deteksi anggota genus Bdellovibrio dengan Hibridasi in situ Fluorescence
Desain dan Kemampuan pemeriksaan Oligonukleotida Target 16S rRNA untuk deteksi anggota genus Bdellovibrio dengan Hibridasi in situ Fluorescence
Bdellovibrio adalah organisme yang biasa memangsa bakteri gram negatif yang banyak ditemukan di daerah lingkungan air dan pantai. Bdellovibrio juga memangsa patogen manusia, hewan dan tumbuhan. Siklus hidup Bdellovibrio meliputi dua tahap yaitu tahap motil. Tahap motile merupakan tahap yang tidak memperbanyak diri dan tahap kedua pada saat organisme ini masuk ke dalam periplasma sel gram negatif mangsa setelah pembentukan tubuh dengan osmotik yang stabil yang disebut bdelloplast (tahap pertumbuhan). Bakteri yang menunjukkan siklus hidup ini termasuk dalam genus Bdellovibrio. Studi phylogenic berdasarkan rangkaian rRNA 16S menunjukkan keragaman yang tinggi diantara organisme pada genus ini, dan dua genera baru telah ditemukan: bacteriovoraks dan Peredibacter. Genus Bdellovibrio saat ini hanya terdiri satu spesies yaitu Bdellovibrio bacteriovorus.
Penelitian ini menggunakan strain B. bacteriovorus 109J yang dikulturkan pada E. coli ML35 menurut metode Flangan et al.,. B. bacteriovorus dibukakan pada Aquspirirlum serpens VHL dan strain organisme mirip Bdellovibrio (BALO) JSS dan KL1 dikulturkan pada C. crescentus CB2A seperti yang sebelumnya diterangkan oleh Koval dan Hynes. Konsentrasi RNA di dalam sel yang dikehendaki merupakan hal yang penting karena FISH membutuhkan ribosome bakteri dimana terjadi pengikatan oligomer. Sinyal yang dihasilkan oleh alat pemeriksa yang digunakan dalam penelitian ini merupakan rRNA yang menjadi target pada sel-sel yang tetap dapat dihubungkan dengan tingkat pertumbuhan dan kandungan rRNA selule. Kadar ribosom sel berhubungan positif dengan tingkat pertumbuhan dan jadi sel-sel untuk FISH diambil selama fase pertumbuhan selanjutnya. Hampir semua sampel lingkungan memiliki kadar RNA seluler yang rendah karena bakteri juga tumbuh lambat. Tingkat pertumbuhan BALO’s tidak dapat ditentukan dengan mudah karena BALO’S tidak tumbuh dengan menggandakan jumlah sel mereka. Sinyal FISH dari sel-sel pada bdelloplast dapat mencerminkan metabolisme aktif mereka. Sebagai alternatifnya, lokasi sel-sel tersebut meningkat bunga konsentrasi yang lebih tinggi, yang dapat mempengaruhi kinetik hibridasi yang menyebabkan hibridasi yang kuat dalam periode 2 jam.
Pengujian lebih lanjut tentang hibridasi isolat BALO yang lain dilakukan untuk kondisi yang disesuaikan dengan B. bacteriovorus 109J. Strain KL1, seperti strain JSS, diisolasi dari limbah sel C. crescentus CB2A tetapi pada tahun yang berbeda. Kedua strain merupakan predator epibiotik dan keduanya dihibridasi dengan alat pemeriksa. Bdellovibrio di lingkungan dideteksi dalam hubungannya dengan jumlah sel, banyaknya sampel yang dibutuhkan. Pengujian plak dilakukan untuk menentukan jumlah bakteri BALO yang ada pada biakan yang diperkaya dan untuk menentukan batas deteksi analisis sampel lingkungan.
Kepekaan metode FISH diuji dengan hibridasi sel-sel secara langsung dari plak tunggal pada kultur yang diperkaya dengan limbah. Plak secara terpisah diambil dan dipindahkan ke tabung mikrosentrifuge, dan sel-sel diawetkan dengan penambahan formalin. Sel-sel mangsa dideteksi dengan DAPI, karena tidak ada sinyal dengan alat deteksi BDE. Analisis mikroskopis dengan FISH menjadi alat identifikasi yang efektif untuk identifikasi Bdellovibrio di lingkungan, dengan pengayaan subpopulasi. Teknik ini akan memberikan identifikasi dan pemeriksaan sel-sel Bdellovibrio tanpa terjadi penyimpangan deteksi mangsa yang berhubungan dengan pengkayaan kultur.
Christina Desy E B1J006119
cHRis_des_cute@yahoo.com
deeshe.wordpress.com
Design and Performance of a 16S rRNA-Targeted Oligonucleotide
Probe for Detection of Members of the Genus Bdellovibrio by
Fluorescence In Situ Hybridization
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,
Hello world!
Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!
