Desain dan Kemampuan pemeriksaan Oligonukleotida Target 16S rRNA untuk deteksi anggota genus Bdellovibrio dengan Hibridasi in situ Fluorescence

Bdellovibrio adalah organisme yang biasa memangsa bakteri gram negatif yang banyak ditemukan di daerah lingkungan air dan pantai. Bdellovibrio juga memangsa patogen manusia, hewan dan tumbuhan. Siklus hidup Bdellovibrio meliputi dua tahap yaitu tahap motil. Tahap motile merupakan tahap yang tidak memperbanyak diri dan tahap kedua pada saat organisme ini masuk ke dalam periplasma sel gram negatif mangsa setelah pembentukan tubuh dengan osmotik yang stabil yang disebut bdelloplast (tahap pertumbuhan). Bakteri yang menunjukkan siklus hidup ini termasuk dalam genus Bdellovibrio. Studi phylogenic berdasarkan rangkaian rRNA 16S menunjukkan keragaman yang tinggi diantara organisme pada genus ini, dan dua genera baru telah ditemukan: bacteriovoraks dan Peredibacter. Genus Bdellovibrio saat ini hanya terdiri satu spesies yaitu Bdellovibrio bacteriovorus.
Penelitian ini menggunakan strain B. bacteriovorus 109J yang dikulturkan pada E. coli ML35 menurut metode Flangan et al.,. B. bacteriovorus dibukakan pada Aquspirirlum serpens VHL dan strain organisme mirip Bdellovibrio (BALO) JSS dan KL1 dikulturkan pada C. crescentus CB2A seperti yang sebelumnya diterangkan oleh Koval dan Hynes. Konsentrasi RNA di dalam sel yang dikehendaki merupakan hal yang penting karena FISH membutuhkan ribosome bakteri dimana terjadi pengikatan oligomer. Sinyal yang dihasilkan oleh alat pemeriksa yang digunakan dalam penelitian ini merupakan rRNA yang menjadi target pada sel-sel yang tetap dapat dihubungkan dengan tingkat pertumbuhan dan kandungan rRNA selule. Kadar ribosom sel berhubungan positif dengan tingkat pertumbuhan dan jadi sel-sel untuk FISH diambil selama fase pertumbuhan selanjutnya. Hampir semua sampel lingkungan memiliki kadar RNA seluler yang rendah karena bakteri juga tumbuh lambat. Tingkat pertumbuhan BALO’s tidak dapat ditentukan dengan mudah karena BALO’S tidak tumbuh dengan menggandakan jumlah sel mereka. Sinyal FISH dari sel-sel pada bdelloplast dapat mencerminkan metabolisme aktif mereka. Sebagai alternatifnya, lokasi sel-sel tersebut meningkat bunga konsentrasi yang lebih tinggi, yang dapat mempengaruhi kinetik hibridasi yang menyebabkan hibridasi yang kuat dalam periode 2 jam.
Pengujian lebih lanjut tentang hibridasi isolat BALO yang lain dilakukan untuk kondisi yang disesuaikan dengan B. bacteriovorus 109J. Strain KL1, seperti strain JSS, diisolasi dari limbah sel C. crescentus CB2A tetapi pada tahun yang berbeda. Kedua strain merupakan predator epibiotik dan keduanya dihibridasi dengan alat pemeriksa. Bdellovibrio di lingkungan dideteksi dalam hubungannya dengan jumlah sel, banyaknya sampel yang dibutuhkan. Pengujian plak dilakukan untuk menentukan jumlah bakteri BALO yang ada pada biakan yang diperkaya dan untuk menentukan batas deteksi analisis sampel lingkungan.
Kepekaan metode FISH diuji dengan hibridasi sel-sel secara langsung dari plak tunggal pada kultur yang diperkaya dengan limbah. Plak secara terpisah diambil dan dipindahkan ke tabung mikrosentrifuge, dan sel-sel diawetkan dengan penambahan formalin. Sel-sel mangsa dideteksi dengan DAPI, karena tidak ada sinyal dengan alat deteksi BDE. Analisis mikroskopis dengan FISH menjadi alat identifikasi yang efektif untuk identifikasi Bdellovibrio di lingkungan, dengan pengayaan subpopulasi. Teknik ini akan memberikan identifikasi dan pemeriksaan sel-sel Bdellovibrio tanpa terjadi penyimpangan deteksi mangsa yang berhubungan dengan pengkayaan kultur.

Christina Desy E B1J006119

cHRis_des_cute@yahoo.com

deeshe.wordpress.com

Design and Performance of a 16S rRNA-Targeted Oligonucleotide
Probe for Detection of Members of the Genus Bdellovibrio by
Fluorescence In Situ Hybridization

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,